אגן ההיקוות של הקישון עשיר בכ-150 מעיינות. רוב מעיינות הקישון תפוסים ונשאבים לצורכי שימוש ביתי וחקלאות. במסגרת פעילותה, עוסקת רשות ניקוז ונחלים קישון בשיקום מעיינות והשבת מימיהם לנחלים.
רשות ניקוז ונחלים קישון מקדמת בשיתוף פעולה עם גורמים נוספים את שיקום נחל קישון, כולל התייחסות למגוון אתגרים, כגון: ניהול נגר ומניעת הצפות, תיירות, סוגיות מים ועוד.