אגן ההיקוות של הקישון עשיר בכ-150 מעיינות. רוב מעיינות הקישון תפוסים ונשאבים לצורכי שימוש ביתי וחקלאות. במסגרת פעילותה, עוסקת רשות ניקוז ונחלים קישון בשיקום מעיינות והשבת מימיהם לנחלים.